El monaquisme degué ésser introduït al bisbat durant l'època visigòtica. Els monestirs de Tavèrnoles, Gerri, Codinet, Tresponts... són probablement anteriors a la invasió sarraïna. Aquestes fundacions i les posteriors -la Vedella, Elins, Bagà, la Portella, les Maleses, Villanega, Oveix, Bellera, el Burgal, Lavaix, Alaó, Escales, Ovarra, Taverna, Gualter, etc.-, a partir del segle IX, i seguint l'exemple de la majoria dels cenobis aleshores existents a la Marca Hispànica, sovint varen adoptar l'observança benedictina, la qual va imposar-se com a norma única de vida monàstica al segle següent. Aquests monestirs, al costat de l'organització parroquial i de les canòniques (la Seu d'Urgell, Solsona, Cardona, Organyà, Ponts, Ager, Mur, Tremp), tindrien una gran influència en la cristianització del país i en el seu desenvolupament humà, cultural i econòmic. Les canòniques derivaren en col·legiates arran de la seva secularització (1592) i, a causa de llur decadència, el concordat de 1851 les abolí, juntament amb les altres preexistents (Castellbó, Guissona, Balaguer...). Mur i Ager foren sens dubte les col·legiates canonicals, exemptes de jurisdicció episcopal, més famoses de tot Catalunya.

Entretant, dos grans bisbes, que abans de gaire d'haver mort mereixerien l'honor dels altars, varen regir la seu urgellesa: Ermengol (1010-1035), veritable Pater Patriae atque Patronus, que sabé conduir el seu poble al grau més alt de civilització i de progrés d'aquell temps, i Ot (1095-1122), provident animador de l'obra de l'actual catedral, que venia a ésser una mena de vot general d'acció de gràcies per l'alliberament total de la diòcesi del jou musulmà, puix que, amb la conquesta de Balaguer l'any 1106, pràcticament s'havien arrodonit les seves antiquíssimes fronteres.