La reforma tridentina trobà en el bisbe Capella (1588-1609), secundat per Josep de Calassanç, un decidit promotor, que maldà també per impedir la penetració dels hugonots, erigí el Seminari conciliar (1592) -cronològicament, el tercer entre els de Catalunya, darrera dels de Tarragona i Girona-, i fundà a la Seu el col·legi de Sant Andreu (1601-1767), que confià a la Companyia de Jesús.

A partir d'aquesta època (segle XVII) augmentaren els nomenaments de bisbes de presentació reial, procedents d'altres regions de l'estat espanyol -la totalitat en el període comprès entre els anys 1695-1827-, amb la consegüent castellanització dels documents emanats de l'autoritat episcopal i dels administratius en general. Això, però, no afectà a la predicació de caràcter popular, a l'ensenyament de la doctrina cristiana i a l'administració dels sagraments: Entre les classes populars i a les comarques de pagès -majoritàries al bisbat-, la fidelitat a la pròpia llengua subsistí plenament, i no pas obeint a una actitud reivindicativa sinó, més aviat, al manteniment d'un hàbit tradicional.