Amb l'abolició del feudalisme (1811-37) l'Església d'Urgell perdé la jurisdicció i els drets senyorials exercits en diversos indrets i poblacions del bisbat, llevat de les Valls d'Andorra, d'on els bisbes de la Seu urgellesa són prínceps o caps d'estat, títol i atribucions que comparteixen amb el president de la República francesa. La constitució de 1993, de la qual el copríncep episcopal ha estat el pioner i un impulsor constant, ha proclamat Andorra Estat independent, de dret, democràtic i social. Durant el pontificat del bisbe Guardiola (1827-1851), adherit a la causa carlina i exiliat per aquest motiu (1835-48), el govern espanyol havia maldat per la supressió del bisbat, descartada poc després pel concordat de 1851; alhora, s'ingerí descaradament en els afers del principat d'Andorra.

Corresponen també a aquesta època (1835) les primeres lleis d'exclaustració, que esdevé general i desamortitzadora a partir de 1837 i que motivà el tancament, entre altres, de les cases religioses següents: benets de Gerri, premostratencs de Bellpuig de les Avellanes, trinitaris de Balaguer i Bellvís, frares menors conventuals de Balaguer, dominicans de la Seu, Puigcerdà, Balaguer i Tremp, mercedaris d'Agramunt, agustinians de Sanaüja, carmelites de Balaguer i Salgar, caputxins de Tremp... El bisbe successor, Caixal (1853-1879), tot i l'existència d'un concordat que, entre altres coses, intentava regularitzar la vida religiosa, es trobà amb l'execució del reial decret de desamortització general dels antics béns de l'Església (1855-56) que, en un bisbat bàsicament rural i agrícola com el d'Urgell, tan durament hauria d'afectar el finançament de la seva acció pastoral. Malgrat això i els reiterats bandejaments que hagué de suportar, agosarat i sense cap altra col·laboració que la dels seus diocesans, emprengué el bastiment d'un nou i modern seminari (1860), que s'estrenaria en 1886. L'any 1853 havia creat el Butlletí oficial eclesiàstic, quan només nou bisbats d'Espanya en tenien.