Mons. Josep Caixal va arribar com Bisbe de la Seu i Copríncep d'Andorra l'any 1853. Tres mesos després de la seva arribada, anuncià el seu propòsit de bastir un seminari a la Seu d'Urgell en substitució del que ja hi havia al col•legi de Sant Andreu.

Cinc anys més tard s'obria ja un expedient canònic d'edificació. Si la intenció final com sembla era crear una universitat del Pirineu, el cert és que es va bastir, sota la conducció de Tomás Samsó i en un temps prou ràpid, un edifici elegant i gegantí, que havia de donar, com a mínim, servei a tots els seminaristes que fins aleshores havien estat dispersos per les preceptories, cases rectorals i famílies de la Seu.