Des de fa molts anys, aquest indret ha estat un lloc d'oració. Ens hem de remuntar als temps en què Balaguer era habitat pels àrabs i aquests tenien el seu nucli de població en el pla d'Almatà.
Bona part d'aquest edifici actual és d´aquella època. Era d'estil romànic, del qual queden encara la porta i la rosassa de la façana principal, que donava al pla d'Almatà. L´altar major estava situat on hi ha actualment la porta que dóna al costat del riu. Tenia una nau i un creuer de volta de mig canó. Els braços del creuer anaven des dels graons del presbiteri actual fins on avui hi ha l'arc que sosté el cor.
Al segle XVII, a causa de la gran devoció cada dia més creixent pels miracles que, segons s'explicava, feia el Sant Crist, s'eixamplà el temple i es posà sota l'advocació de la venerada imatge.
Es posà l'altar major al braç situat al nord. La porta principal s'obrí al sud, cara a la ciutat, on es construí una façana totalment plana i coronada per un arc amb curvatura descendent a ambdós costats.
A finals del segle XVIII es va aixecar la volta de la nau principal i es va construir el cambril per al Sant Crist. Durant les primeres dècades del segle XX es construí la façana i la portalada actual.
La venerada imatge fou cremada el 28 de juliol de 1936. Es pogué salvar solament el peu dret. Per encàrrec de Pere Corberó i Trepat fou esculpida de nou pels artistes Joaquim Ros i Josep Espelta de Barcelona. La beneí el bisbe Ramon Iglesias Navarri i la retornà al seu lloc el 16 de marc de 1947.
Essent capellà del Sant Crist Mn. Pere Ribes, l'any 1972 es va fer la renovació del presbiteri i l'any 1973 es va decorar el cambril amb frescos del pintor Llucià Navarro. L'any 1997 es feu l'obertura al sostre per donar llum al presbiteri.
El 9 de novembre de 2016, se celebrava solemnement el títol i dignitat de Basilica menor, atorgat pel Sant Pare Francesc.
La Catedral de Santa Maria d'Urgell, del segon romànic, fou començada per Sant Ot entre els anys
1116-1122, però l'impuls definitiu el rebé a partir de l'any 1175, quan el mestre d'obres Ramon Lambart es comprometé a coronar l'obra: cloure les voltes i aixecar els campanars, el cimbori i les torres per sobre de les voltes en el termini de set anys. Tanmateix, les guerres i altres malvestats d'aquell tombant de segles impossibilitaren de continuar l'obra de Santa Maria.
Al llarg dels segles, la Catedral no es va lliurar d'afegits, d'acord amb els gustos de les diferents èpoques. Però les restauracions dels anys 1915-1919, 1952-1955, 1967-1973 i l'última intervenció els anys 1996-1999 han fet possible que la Catedral de la Seu aparegui neta i lliure d'afegitons, i que sigui admirada com un dels monuments més purs, més bells i més impressionants del romànic d'arreu del món. L'any 1905, va ser honorada amb el títol i la dignitat de Basílica menor, i el 1931, declarada Monument històric-artístic d'interès nacional.
Val a dir que l'actual Catedral no és pas la primera. Reposa damunt un llit de catedrals enterrades. La primera fou la de Sant Just (segle VI) i seria d'estil visigòtic. Potser d'ella ens ha arribat l'ara de marbre de l'altar actual. Va ser trobada al claustre l'any 1996. La segona catedral, aixecada durant el segle IX, era pre-romànica. La tercera, la de Sant Ermengol, d'estil "primer romànic" fou consagrada l'any 1040. Però cap a l'any 1100 el bisbe Sant Ot la qualificava de "quasi ruïnosa" i demanava donatius per refer-la. L'actual catedral és, doncs, la quarta.
